cscript.exe adsutil.vbs set /w3svc//SecureBindings “:443:”

実行例：
cscript.exe adsutil.vbs set /w3svc/１２８２９０２７８０/SecureBindings “:443:jp.globalsign.com”

[IIS6] ワイルドカードSSLを使って、ホスト名のみで区別されたWebサーバ群を運用する方法
注意
バインドはドメイン名が異なるサーバ同士でも可能ですが、その中で使用できる証明書は一つのみです。
SSL通信は通常、ホストヘッダは暗号化され、特定のサーバに到達した後に復号が行われます。
そのため「1.jp」「2.com」など異なるドメイン同士でバインドするとSSL通信が意図しない方に到達し、復号の過程でサーバ証明書不一致エラー…という事が起こり得ます。

複数の証明書を使う場合は、従来どおりIPかポートを変えましょ